El 04/05/1991 se crea el Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Javier Pérez de Cuellar” mediante Resolución Secretarial Regional Nº 034-91-RENOM-SRASS. El cual se le autoriza el funcionamiento de la carrera de Educación Primaria. Su creación como Centro de Formación tenía un problema de carácter legal debido a que según Ley son creados por Decreto Supremo.

Es así como se logró gestionar que el Ministerio de Educación extienda el Decreto Supremo Nº 009-92-ED; el 21/02/1992, se crea el Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” de la provincia de San Ignacio, se le autoriza el funcionamiento de la carrera de Educación Primaria.

El Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” cuenta con la Institución Educativa Pública “Centro de Aplicación” creada el 25/03/1998 con Resolución Directoral Nº 000766-1998/DSR-JAÉN, para atender a niños y niñas de 1° a 6° Grado de Educación Primaria. Hoy esta institución busca garantizar aprendizajes efectivos y de calidad.

Con Resolución Directoral N° 0535-2013-ED, el 22/11/ 2013, se autoriza al Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” a ofertar la carrera de Educación Inicial a partir del año académico 2014.

Con Resolución Directoral N° 152-2016-MINEDU, el Ministerio de Educación aprueba la revalidación de autorización de funcionamiento del IESPP “Rafael Hoyos Rubio” y de las carreras de Educación Inicial y Primaria por un periodo de 05 años.

Hoy, el Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” viene formando profesionales en educación en las carreras de: Educación Inicial y Educación Primaria y otorga el Título Profesional a Nombre de la Nación.

En la actualidad la Dirección General del Instituto de Educación Superior Pedagógico Público “Rafael Hoyos Rubio” lo está asumiendo el Profesor Francisco Marcelo Chunque Salas.